本來，定量PCR儀是為了將樣本中微量的DNA模版放大以便研究模版特性，隨著研究的深入，要了解樣本中基因的表達(dá)模式與疾病的關(guān)系，就需要了解標(biāo)本中的DNA原始拷貝數(shù)。理論上定量PCR儀試驗(yàn)過程中反應(yīng)產(chǎn)物是以指數(shù)規(guī)模增長的，但實(shí)際的PCR擴(kuò)增曲線并不是標(biāo)準(zhǔn)的指數(shù)曲線，而是S形曲線——因?yàn)殡S著PCR循環(huán)數(shù)的增加，擴(kuò)增規(guī)模迅速增大，Taq酶、dNTP、引物，甚至DNA模板等各種PCR要素逐漸不敷需求，PCR的效率降低，產(chǎn)物生成的速度逐漸減緩，終進(jìn)入平臺(tái)期。由于各種環(huán)境因素的復(fù)雜相互作用，不同的PCR反應(yīng)體系進(jìn)入平臺(tái)期的時(shí)間和平臺(tái)期的高低都有很大變化，即使是重復(fù)實(shí)驗(yàn)，各種條件基本一致，后得到的DNA拷貝數(shù)也往往不同。因此經(jīng)過定量PCR儀擴(kuò)增的DNA產(chǎn)物量不能反映起始模板量的真實(shí)情況。通過傳統(tǒng)凝膠電泳EB染色或者同位素標(biāo)記只能定量PCR的終產(chǎn)物量，而不能定量起始DNA模版的拷貝數(shù)。